Seit 1994 befindet sich im Custom House ein Teil des Museums of the American Indian. Zu dieser Sammlung gehören mehr als 1 Mio. Kunstwerke und Tausende von Fotografien. Alle indianischen Kulturen Nord-, Mittel- und Südamerikas werden dabei berücksichtigt. Die Ausstellung ist geographisch gegliedert.

Bis Juni 1994 befand sich das Museum in Harlem. Es wurde 1922 eröffnet und bestand damals in erster Linie aus der Privatsammlung des Ölmagnaten George Gustav Heye. Die archäologischen und ethnologischen Exponate reichten von Alaska bis Feuerland.

Der größte Teil des Indianermuseums wird in den kommenden Jahren nach Washington verlegt und der Smithsonian Institution angegliedert.